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Array-CGH를 이용한 망막아세포종 세포주(Y-79, WERI-Rb-1)의 유전체 이상 분석

Title
Array-CGH를 이용한 망막아세포종 세포주(Y-79, WERI-Rb-1)의 유전체 이상 분석
Other Titles
Analysis of genomic alterations in retinoblastoma cell lines (Y-79, WERI-Rb-1) by Array-CGH.
Authors
정혜욱
Issue Date
2007
Department/Major
대학원 의학과
Publisher
이화여자대학교 대학원
Degree
Doctor
Abstract
망막아세포종은 소아에서 가장 흔한 눈 속 암으로서, 20,000 출생 소아 당 1명의 암에 빈도로 발생함이 보고되어 있으며, 유전적 변이의 축적을 통한 다단계의 과정을 거쳐 발생하는 것으로 알려져 있다. 망막아세포종의 발생에 RB1 유전자의 두 대립유전자의 기능상실이 필수적이라는 것은 잘 알려진 사실이나, 그 외에 암의 발생 및 진행에 관련된 유전적 현상은 아직까지 잘 알려진 바 없다. 이 연구의 목적은 망막아세포종에서 일어나는 유전적 변화를 확인하고, 망막아세포종의 발생 및 진행과 관련된 유전자를 선별하는 것이었다. 이 연구에서는 array-CGH 방법을 이용하여 두 개의 망막아세포종 세포주(WERI-Rb-1, Y-79)에서 공통적으로 발견되는 유전자 이상을 밝히고자 하였다. 그 결과, 두 개의 세포주 모두에서 증가한 유전자는 AHRR, EXOC3, CEP72, TRIP13, TERT, SEMA5A, TAS2R1, MARCH6, CTNND2, CDH12, NHLRC1, TPMT, AOF1, FANCC, NCBP1, XPA, TGFBR1, BAAT, MRPL50, ZNF189, ALDOB, ABCA1, FCMD, TAL2, ZNF462, COL27A1, ORM1, ORM2, AKNA, ASTN2, TRIM32, GSN, STOM, LHX2, PBX3, ABL1, FIBCD1, 17q21.31의 WNK4, CCDC56, CNT1, BECN1, PSME3, AOC2, LOXHD1, ST8SIA5, SMAD2, KIAA0427, COL18A1, COL6A2, FTCD, LSS 등이었다. 두 개의 세포주 모두에서 감소한 유전자는 RB1을 비롯하여 ZDHHC3, EXOSC7, CLEC3B, CACNA2D3, DEFB106A, FAM90A6P, FAM90A7, ZMYND11, LARP5, GTPBP4, IDI2, IDI1, KLF6, AKR1CL2, FBXO18, IL15RA, IL2RA, TAF3, GATA3, CUGBP2, DHTKD1, SEC61A2, NUDT5, ITGA8, PTER, C1QL3, RSU1, DNMT2, PTPLA, PLXDC2, NEBL, MLLT10, DNAJC1, PIP5K2A, PRTFDC1, NRP1, PARD3, MGMT, RFP2OS, RFP2, KCNRG, IGHV, CDH19, TXNDC10, RTTN 등이었다. 이상의 결과를 통해 다양한 유전자의 변화가 망막아세포종의 발달 및 진행에 관련되었음을 확인할 수 있었다. 본 연구에서는 Array-CGH를 통하여 다수의 이상 염색체 부위와 새로운 유전자에 대한 유전체 이상을 확인하였다. 본 연구의 결과는 망막아세포종의 병인과 관련된 유전자의 분자적 특성을 규명하기 위한 기초 자료가 될 것이다.;Retinoblastoma is the most common intraocular malignancy in young children, arising in approximately 1 per 20,000 live births. Although it is established that the loss of function of both alleles of the RB1 gene is a prerequisite for the development of retinoblastoma, little is known about the genetic events that are required for tumor progression. To screen for genomic aberrations, two retinoblastoma cell lines (Y-79, WERI-Rb-1) were analysed using array-CGH. As a results, gains of AHRR, EXOC3, CEP72, TRIP13, TERT, SEMA5A, TAS2R1, MARCH6, CTNND2, CDH12, NHLRC1, TPMT, AOF1, FANCC, NCBP1, XPA, TGFBR1, BAAT, MRPL50, ZNF189, ALDOB, ABCA1, FCMD, TAL2, ZNF462, COL27A1, ORM1, ORM2, AKNA, ASTN2, TRIM32, GSN, STOM, LHX2, PBX3, ABL1, FIBCD1, WNK4, CCDC56, CNT1, BECN1, PSME3, AOC2, LOXHD1, ST8SIA5, SMAD2, KIAA0427, COL18A1, COL6A2, FTCD, LSS were found in both cell lines. Lost clones detected in both cell lines were RB1, ZDHHC3, EXOSC7, CLEC3B, CACNA2D3, DEFB106A, FAM90A6P, FAM90A7, ZMYND11, LARP5, GTPBP4, IDI2, IDI1, KLF6, AKR1CL2, FBXO18, IL15RA, IL2RA, TAF3, GATA3, CUGBP2, DHTKD1, SEC61A2, NUDT5, ITGA8, PTER, C1QL3, RSU1, DNMT2, PTPLA, PLXDC2, NEBL, MLLT10, DNAJC1, PIP5K2A, PRTFDC1, NRP1, PARD3, MGMT, RFP2OS, RFP2, KCNRG, IGHV, CDH19, TXNDC10, RTTN. Through this study, it is confirmed that there are many genomic aberrations are involved in the development and progression of retinoblastoma. Genomic profiling of retinoblastoma by array-CGH revealed numerous imbalanced regions and novel candidate genes in retinoblastoma. These data provide a basis for more detailed molecular characterization for testing the pathogenic role for these candidates.
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