https://dspace.ewha.ac.kr/handle/2015.oak/171228 2026-04-05T04:26:50Z 2026-04-05T04:26:50Z 조창이 https://dspace.ewha.ac.kr/handle/2015.oak/274906 2026-03-30T16:31:15Z 2024-01-01T00:00:00Z

Title: Analyzing V. vulnificus MARTX toxin using bioinformatics tools revealed the toxin's evolution process and potential threats Ewha Authors: 조창이 Abstract: Vibrio vulnificus is a pathogen responsible for various human infections, primarily through consuming raw or undercooked seafood or exposure to seawater with open wounds. Among many V. vulnificus exotoxins, Multifunctional auto-processing repeats-in toxin (MARTX toxin) containing multiple cytotoxic effector domains as modules pose a significant threat to its host. This study revisited potential risks that V. vulnificus can pose by analyzing MARTX toxin sequences deposited recently in the public database . In this process, eleven novel toxinotypes were found and named according to their strain name or sequence submitter . This study further compared the phylogenetic relationships of MARTX effector domains and strain genotype , suggesting that the amino acid sequence of the makes caterpillars floppy-like (MCF) effector domain varies according to its relative position in the effector domain repertoire of the given MARTX toxin . In addition, among the newly discovered toxinotypes , the S-type toxin is predicted to contain a hybrid Rho-GTPase inactivation domain (RID), of which the membrane localization domain (MLD) sequence is highly similar to that of Vibrio cholerae. These results suggest that the MARTX toxin, one of the most lethal toxins of V. vulnificus bacteria, continues to change and evolve. Therefore, action must be taken to anticipate and address the threat of this toxin’s variant. ;패혈증 비브리오(Vibrio vulnificus)는 주로 오염된 해산물을 섭취하거나 상처를 통해 다양한 인체감염을 일으키는 병원체이고, 패혈증 비브리오의 다양한 외독소 중에서 MARTX 독소는 숙주에게 심각한 위협을 가한다. 본 연구는 NCBI에서 다운로드한 MARTX 독소형 서열을 생물정보학 도구를 통해 분석하여 패혈증 비브리오가 초래할 수 있는 치명적인 위협을 발견하고, 이를 자세하게 규명하기 위해 수행되었다. 본 연구는 생물정보학 도구를 통해 분석하여 11개의 새로운 독소형을 발견하고, 새로운 독소형에 대하여 균주의 이름이나 기타 정보에 따라 단일 문자로 이름을 지정하였다. 본 연구는 이전 연구의 도메인 분류 및 균주의 유전자형에 대하여 이전보다 훨씬 더 풍부해진 데이터를 바탕으로 면밀하게 분석하고 설명하였으며, 그 과정에서 MCF 도메인의 아미노산 서열이 MARTX 독소의 상대적 위치에 따라 달라짐을 발견하였다. 또한, 이번에 새로 발견한 독소형 중, S형 독소의 RID 염기서열은 MLD 영역에서 비브리오 콜레라 유전자와 유사성이 높은 것을 발견하였다. 즉 S형 독소가 패혈증 비브리오와 비브리오 콜레라에서 유래한 유전 정보를 모두 가지고 있음을 발견한 것인데, 이러한 사실은 패혈증 비브리오와 비브리오 콜레라 간의 HGT(수평적 유전자 전달)를 암시하며, 그에 따라 해당 독소형이 숙주에 더 큰 위협을 끼칠 수 있음을 시사한다. MARTX 독소는 계속 진화하며, 따라서 이 독소의 위협을 예측하기 위한 조치를 취해야 한다.

2024-01-01T00:00:00Z 민지영 https://dspace.ewha.ac.kr/handle/2015.oak/274905 2026-03-30T16:31:15Z 2024-01-01T00:00:00Z

Title: 빅데이터 분석을 활용한 디자인 씽킹의 문제 발견에 관한 연구 Ewha Authors: 민지영 Abstract: 초연결사회의 핵심인 빅데이터는 활용 시 목적에 따라 분석 설계가 되고, 상관관계 규명 가능성이 존재한다. 이에 빅데이터 분석 활용은 다양한 분야에서 통찰력을 제공하고, 현대 사회 문제의 모호성과 불확실성 감소에 도움을 준다. 정의되지 않은 문제를 해결하는 디자인 씽킹 과정에서도 통찰력 함양을 위한 빅데이터 분석이 일어날 수 있다. 그러나 현대 사회에서 확장된 데이터의 규모와 형태, 발전된 기술에 비해 현재 디자이너가 디자인 씽킹의 문제 발견 과정에서 이를 활용할 수 있는 방법이 상대적으로 부족하다. 디자인 씽킹은 민족지학적인 조사 기반의 직관을 특징으로 하지만, 현대 사회에서 적합성, 신뢰성과 관련된 우려가 발생되기도 한다. 따라서 전문성이 있는 디자인 씽킹의 문제 발견을 위해 빅데이터 기반의 직관적 통찰 방법에 주목할 시점이다. 특히, 사용자 중심 통찰력 도출을 목적으로 하며, 데스크 리서치 단계에서 사용자 지식 구조 형성을 추구하는 빅데이터 분석 활용 과정을 탐구할 필요가 있다. 즉, 디자인 씽킹의 문제 발견 과정에서 사용자 이해를 위한 빅데이터 분석 활용 실행과 이에 대한 고찰이 필요하다. 본 연구의 목적은 기존의 디자인 씽킹의 데스크 리서치에서 활용할 수 있는 데이터보다 확장된 대규모 비정형 데이터를 활용해, 디자인 씽킹 과정에서 사용자 중심의 문제를 발견하는 방법을 찾고 그 효과를 제시하는 것이다. 이를 위해 디자인 씽킹의 문제 발견 과정에서 빅데이터 분석을 활용해 발견점을 도출하고, 빅데이터 분석을 활용한 사용자 이해 방법에 대해 고찰한다. 발견점은 디자인 씽킹의 문제 정의 과정에서 인사이트로 연계될 수 있으며 문제 발견 과정에서의 사용자, 주제와 관련된 중간 해석이다. 본 연구에서는 비정형 데이터 중에서 온라인 상의 텍스트 데이터에 주목한다. 본 연구에서는 데스크 리서치 단계에서 실행할 수 있는 디자인 씽킹의 문제 발견 과정에서의 빅데이터 분석 활용(BDDT-PF: Big Data-driven Design Thinking - Problem Finding) 방법을 제안한다. 이를 바탕으로 다음과 같은 세가지 연구 질문이 제시되었다. 첫째, BDDT-PF 과정에서 발견점 도출을 위한 알고리즘 기반 빅데이터 분석 방법은 무엇인가? 둘째, BDDT-PF 과정에서 발견점 도출을 위한 디자인 씽킹 관점 분석 방법은 무엇인가? 셋째, BDDT-PF 실행 효과는 무엇인가? 설계를 바탕으로 디자인 씽킹의 문제 발견 과정에서 빅데이터 분석을 활용하는 테스트를 실행하며 연구 질문에 대한 답을 도출하였다. 본 연구의 각 단계는 다음과 같다. 첫번째 단계에서는 문헌 고찰을 통해 디자인 씽킹, 문제 발견 과정, 데스크 리서치, 빅데이터, 텍스트 마이닝에 대한 이해를 하였다. 두번째 단계에서는 기존 빅데이터 활용 사례 및 디자인 씽킹에서의 데이터에 대한 이론적 고찰을 통해 디자인 씽킹의 문제 발견 과정에서 빅데이터 분석 활용에 대한 필요성과 방향을 파악하였다. 세번째 단계에서는 디자인 씽킹 프로젝트에서 실제로 실행되는 데스크 리서치 과정을 전문가 인터뷰 및 주제별 분석으로 파악하고 이를 기반으로 BDDT-PF 방법의 특징, 과정과 연구 질문 및 테스트를 설계하였다. 네번째 단계에서는 텍스트 데이터 중 편집 콘텐츠(Editorial content)인 온라인 뉴스 기사의 제목을 활용해 BDDT-PF 과정을 실행하고 동향 분석 결과를 얻었다. 다섯 번째 단계에서는 텍스트 데이터 중 한국어 사용자 생성 콘텐츠(User-generated content)를 활용해 BDDT-PF 과정을 실행하고 한국 사람들에게 기후변화가 갖는 의미에 대해 도출하였다. 네번째, 다섯 번째 단계에서의 BDDT-PF 실행의 결과를 통해 BDDT-PF가 기존 데스크 리서치의 부족함을 보완하고 사용자 리서치에 도움을 줄 수 있음을 파악하였다. 이에 따라 다음 단계에서는 이전 단계에서의 실행을 확장하고 심화하여, 사용자의 정서 파악을 위한 사용자 이해 방법을 구체적으로 제시하고 실행하였다. 여섯 번째 단계에서는 텍스트 데이터 중 영어 사용자 생성 콘텐츠(User-generated content)를 활용해 BDDT-PF를 실행하고 글로벌 사회의 사람들에게 기후변화가 갖는 의미에 대해 도출하였다. 일곱 번째 단계에서는 네번째부터 여섯 번째의 BDDT-PF 실행을 종합하고 사용자 이해 방법과 효과에 대해 고찰하였다. 디자인 씽킹 관점 분석 과정을 데이터, 사고법, 체계화 방법, 해석 관점을 요소로 다이어그램으로 표현하였다. 문화적 특성의 이해, 주제 및 문제 발견 내용의 범위에 따른 일반화 가능성을 제시하였다. 디자인 씽킹의 신뢰성 증가, 디자인 씽킹의 초기 단계 프레임 생성, 기존 데스크 리서치에 비교한 효율성 증가, 디자인 씽킹 합성 과정 구체화가 BDDT-PF 효과에 해당하였다. 마지막 단계에서는 연구 질문에 따른 연구 결과 요약 및 연구의 시사점을 결론으로 제시하였다. BDDT-PF실행에서 디자이너들은 알고리즘 기반 빅데이터 분석 결과인 수치나 키워드를 바로 디자인에 반영하는 것이 아니라, 유의미한 데이터에 주목해, 사람들의 정서 및 감정과 관련해 탐구하는 과정에서 사용자를 이해할 수 있다. 즉, 본 연구는 기술의 변화 속에서 디자인 씽킹 과정에 디자이너의 데이터 리터러시(Data literacy)를 강화하는 방법들을 실험하고 그 의미와 디자이너 역할의 확장을 고찰해본 것에 의의가 있다.;An analysis on big data, the core of the hyper-connected society, is designed considering its purpose so it may be possible to shed light on correlations. Therefore, using big data analysis can provide insights across various fields and be conducive to reducing the ambiguity and uncertainty of contemporary social issues. In a design thinking process to solve undefined problems, big data analysis can happen to cultivate insights. However, despite the enlarged scale and form of data and advanced technology in modern society, designers have relative difficulties in using it in the problem finding process of design thinking. Design thinking is characterized by intuition based on ethnographic investigations but there are concerns regarding its suitability and reliability in contemporary society. Accordingly, to implement specialized problem finding of design thinking, it is time to pay attention to intuitive insights based on big data. It aims to derive user-centered insights and there is a need to ponder upon the utilization of big data analysis, which pursues establishing the structure of user knowledge in the desk research step. In other words, in the problem finding of design thinking, it is needed to consider and apply big data analysis for understanding users. This study intends to discover the way for user-centered problem finding in the design thinking process and suggest its effects using extensive larger-scaled unstructured data than data used in the existing desk research of design thinking. To this end, it derives findings using big data analysis in the problem finding process of design thinking and examines how to understand users using big data analysis. These findings have the potential to be linked to insights in the problem defining process of design thinking and they are intermediate interpretations on users and topics in the problem finding process. This research focuses on online text data among unstructured data. This study proposes BDDT-PF: Big Data-driven Design Thinking - Problem Finding, which can be implemented in the desk research step. Hence, three research topics were suggested as follows. First, what algorithm-based big data analysis methods can be used for deriving findings in the BDDT-PF process? Second, what design thinking-focused analysis methods can be used for deriving insights in the BDDT-PF process? Third, what are the effects of executing the BDDT-PF? The research conducted a test using big data analysis in the problem finding of design thinking based on design and derived the answers to the research questions. The research comprises the following stages. In the first step, it pursued the understanding of design thinking, problem finding processes, desk research, big data, and text mining through literature review. In the second step, the study identified the necessity and direction of using big data analysis in the problem finding of design thinking through the case study of big data application and the theoretical review of data in design thinking. In the third step it captured an actual desk research done from a design thinking project via expert interviews and topic-based analyses, designing characteristics, processes, research questions and tests for BDDT-PF. In the fourth step it executed the BDDT-PF process using titles of online news articles, which are Editorial content, in text data and obtained the results from the trend analysis. In the fifth step it also implemented the BDDT-PF process using the Korean User-generated content in text data and derived the meaning of climate change to Korean people. The findings from BDDT-PF in the fourth and the fifth steps led to the understanding that BDDT-PF can supplement the inadequacies of traditional desk research and assist in user research. Hence, in the next step it extended and deepened the execution from the previous steps, specifying and carrying out how to understand users with a view to identifying their emotion. In the sixth step it executed the BDDT-PF process using the English User-generated content in text data and found out the meaning of climate change to the global people. In the seventh step it examined the way to understand users in BDDT-PF and the effects of BDDT-PF implementation from the fourth to the fifth steps. The BDDT-PF process was synthesized and summarized, and design thinking-driven analyses were represented in a diagram with the elements of data, thinking systematization methods and interpretive perspectives. In addition, possibilities for generalization were presented considering culture, topic and problem identified. The effects of BDDT-PF included increased reliability in design thinking, frame generation in the initial phase, enhanced efficiency compared to traditional desk research, and a more specified synthesis process in design thinking. Finally, in the conclusion, the study presented the summary of findings according to research topics along with its implications. Rather than reflecting numbers or keywords resulted from big data analysis in design the way they are, designers can pay attention to significant data and understand users while pondering upon human emotions and feelings. In other words, this study has significance in that it experimented with the way to intensify designers' data literacy in design thinking and examined its meanings, considering the expanded roles of designers.

2024-01-01T00:00:00Z 김이현 https://dspace.ewha.ac.kr/handle/2015.oak/274903 2026-03-30T16:31:14Z 2024-01-01T00:00:00Z

Title: The protective role of acyl-CoA thioesterase 12 in kidney fibrosis Ewha Authors: 김이현 Abstract: Chronic kidney disease (CKD) is associated with significant morbidity and mortality, and there is a growing need for effective pharmacotherapeutics beyond angiotensin receptor blockers. Recent attention has focused on novel therapeutic targets involved in lipid metabolism and fibrosis, the main feature of CKD. However, the key regulators and the detailed mechanisms linking kidney fibrosis and lipid metabolism remain to be elucidated. Here, in this study, acyl-CoA thioesterase 12 (ACOT12) was identified as the key factor. A reduction of ACOT12 level was observed in human kidneys with fibrosis as well as mouse kidneys with unilateral ureteral obstruction (UUO)-induced fibrosis. Spontaneously aged Acot12-/- mice exhibited more severe kidney fibrosis with lipid accumulation at earlier stages compared to wild-type. Furthermore, it was found that the deficiency of ACOT12 exacerbated kidney fibrosis and led to an increase in lipid synthetic processes, whereas Acot12 restoration alleviated fibrosis in obstructed kidney. To examine the detailed mechanism involved in renoprotective effect of ACOT12, peroxisome proliferator-activated receptor alpha (PPARa) signaling, which is not only upstream of ACOT12 but also a well-known pathway in kidney homeostasis, was investigated. Interestingly, it was observed that administration of PPARa agonist fenofibrate into Acot12-/- mice or Ppara restoration into Acot12-/-Ppara-/- mice did not lessen UUO-induced kidney fibrosis. These results suggest that Acot12 may protect kidney from fibrosis irrespectively of Ppara. The reduction in pexophagy, the selective autophagy of peroxisomes, was observed in ACOT12-deficient mouse primary tubule cells as well as Acot12-/- kidneys. Decreased levels of pexophagy marker, acyl-CoA binding domain containing 5 (ACBD5), in the obstructed or Acot12-/- kidneys were recovered in the treatment of losartan or fenofibrate with therapeutic efficacy. In sum, this study demonstrated the functional role of ACOT12 in the progression of kidney fibrosis and suggests a therapeutic potential of ACOT12 in kidney fibrosis.;만성콩팥질환은 체내의 노폐물을 제거하고 수분과 영양분의 균형을 맞추는 콩팥의 기능이 지속적으로 저해되는 질병으로, 현재는 안지오텐신 수용체 저해제와 같은 간접적인 방법이 치료에 사용되고 있다. 직접적인 조절 기전을 통한 보다 효과적인 약물 개발을 위해 최근에는 만성콩팥질환의 대표적인 특징인 섬유화를 지질대사를 조절하여 완화시키는 기전과 약물의 연구가 활발히 진행되고 있다. 본 연구에서도 콩팥섬유화와 지질대사를 연결하여 콩팥 보호 역할을 하는 주요인자를 발굴하고자 하였다. 본 연구에서는 일측요관폐쇄술(unilateral ureteral obstruction, UUO)을 시행하여 콩팥 섬유화를 유도한 마우스 모델에서 얻은 시료로 mRNA 시퀀싱을 진행 및 분석하여 acyl-CoA thioesterase 12 (ACOT12)를 후보물질로 발굴하였다. 공개된 만성콩팥질환 환자 데이터와 병원에서 얻은 섬유화 콩팥 시료에서 ACOT12 발현이 대조군에 비해 감소하는 것이 확인되었으며, ACOT12 유전자를 녹아웃시킨 마우스에서 노화에 의한 콩팥손상과 UUO에 의한 콩팥섬유화가 지질 축적과 함께 wildtype 마우스에 비해 유의하게 악화되는 것을 확인하였다. 한 편, ACOT12 녹아웃마우스에 렌티바이러스 주입과 키토산 패치 부착을 통해 ACOT12 유전자를 재도입하였을 때 UUO에 의한 섬유화가 완화되는 것을 확인함으로써 콩팥섬유화에서 ACOT12의 보호역할을 검증하였다. ACOT12의 자세한 기전을 밝혀내고자, 콩팥에서 지질대사를 조절하는 대표적인 신호전달경로이자 ACOT12의 전사수준을 조절하는 것으로 알려진 peroxisomal proliferator-activated receptor alpha (PPARa)와의 연관성을 조사하였다. 흥미롭게도 ACOT12가 결핍되었을 때에는 페노파이브레이트를 통한 PPARa 활성화나 PPARa 유전자의 도입이 지질 축적과 섬유화를 개선시키지 못하였다. 이에 시퀀싱 데이터 분석을 통해 페록시좀 특이적인 세포사멸(pexophagy)을 후보기전으로 추출하였다. ACOT12가 결핍된 신세뇨관세포에서 감소하는 pexophagy가 유전자 재도입을 통해 회복하는 것이 관찰되었다. 또한, 마우스에서도 pexophagy 마커인 acyl-CoA binding domain protein 5 (ACBD5)의 발현이 콩팥섬유화 및 노화에 의해 감소하지만 페노파이브레이트나 로사탄을 처리하였을 때는 신보호 효과와 함께 회복하는 것이 확인되었다. 결론적으로, 본 연구에서 ACOT12가 pexophagy를 통해 지질 축적과 콩팥섬유화를 완화시키는 기전을 규명하여 ACOT12를 콩팥섬유화의 새로운 치료후보물질로 제시하였다.

2024-01-01T00:00:00Z 백지현 https://dspace.ewha.ac.kr/handle/2015.oak/274898 2026-03-30T16:31:14Z 2023-01-01T00:00:00Z

Title: Poly(DL-Alanine-co-Glycine) Thermogel Ewha Authors: 백지현 Abstract: Thermogel is a hydrogel in which the sol-gel phase transition as the temperature increment. Thermosensitive polymer, which can be applied as thermogel, has been designed to balance hydrophilicity and hydrophobicity. Poly(DL-lactic-co-glycolic acid) (PLGA) and Poly(ethylene glycol) (PEG), which are representative hydrophilic and biocompatible polymers, have been commonly used to balance hydrophobicity and hydrophilicity of thermogel. However, recent studies have shown that PLGA and PEG can cause unnecessary immune responses in drug delivery systems. Especially, PEG has recently been reverified in drug delivery systems to the extent that FDA requires experimental results on the immune response to drugs using PEGylated-polymer carriers. Therefore, the need for research on thermosensitive polymers without PEG has increased. DL-Polyalanine (DL-PA), which has proper hydrophobicity (due to the methyl group of DL-alanine) and solubility in water (due to random coil structure) was previously studied. DL-PA showed excellent thermal gelation properties and biocompatibility. This study suggests a novel thermosensitive polymer, poly(DL-alanine-co-glycine) (DL-PAG). The structure of DL-PAG is designed to mimic PLGA. DL-PAG showed various physical properties and thermodynamic behaviors according to glycine ratio. DL-PAGs with similar molecular weights and different compositions were polymerized and analyzed. As the ratio of glycine units increased, the hydrophobicity of DL-PAG declined because of the decrement of the methyl group in DL-alanine units. Therefore, the higher glycine ratio in DL-PAG, the broader soluble concentration range, and the higher gelation temperature. The DL-PAG aqueous solutions of particular concentration had a gel transition temperature below 30 ℃, which is a proper gel transition temperature for use as biomaterials. The analysis according to temperature changes indicated that the gelation mechanism of DL-PAG was dehydration occurred without changes in secondary structure or micellization.;서모겔은 온도의 증가에 따라 졸-겔 상전이가 발생하는 하이드로겔을 의미한다. 서모겔로 적용 가능한 온도 민감성 고분자는 친수성과 소수성이 균형을 이루도록 설계된다. 대표적인 친수성 및 생체적합성 고분자인 Poly(DL-락타이드-co-글리콜라이드) (PLGA) 및 폴리(에틸렌글리콜) (PEG)은 서모겔의 설계에 일반적으로 사용되어 왔다. 그러나, 최근 연구에 따르면 PLGA와 PEG는 약물 전달 시스템에 응용 시, 불필요한 면역 반응을 유발할 수 있다. 특히, PEG는 최근 미국 식품의약청이 페길화된 고분자 전달체를 이용한 약물의 면역 반응 실험 결과를 별도로 요구할 정도로, 약물 전달 시스템에서 재검증되고 있다. 따라서, PEG가 없는 온도 민감성 고분자에 대한 연구의 필요성이 증가하고 있다. 먼저 소수성(DL-알라닌의 메틸기로 인한)이 적절하며 물에 대한 용해성(랜덤 코일 구조로 인한)이 뛰어난 DL-폴리알라닌(DL-PA)이 연구되었다. DL-PA는 우수한 서모겔적 특성과 생체적합성을 나타내었다. 본 연구는 새로운 온도 민감성 고분자인 폴리(DL-알라닌-co-글리신)(DL-PAG)을 제안한다. DL-PAG의 구조는 PLGA를 모방하도록 설계되었다. DL-PAG은 글리신 비율에 따라, 다양한 물리적 특성과 열역학적 거동을 보였다. 분자량이 유사하고 조성이 다른 DL-PAG를 중합하여 분석하였다. 글리신 단위의 비율이 증가함에 따라 DL-알라닌 단위 속 메틸기의 수가 적어졌고, 그로 인하여 DL-PAG의 소수성이 감소하였다. 따라서 DL-PAG에서 글리신 비율이 높을수록 수용성 농도 범위가 넓어지고 젤 전이 온도가 높아졌다. 특정 농도의 DL-PAG 수용액은 젤 전이 온도가 30°C 미만이었다. 즉, 생체 재료로 사용하기에 적절한 젤 전이 온도를 보였다. 온도 변화에 따라 분석한 결과, DL-PAG의 겔화 메커니즘은 2차 구조의 변화나 미셀화 없이 발생하는 탈수임을 알 수 있었다.

2023-01-01T00:00:00Z