Functional analysis of the putative gastric cancer related genes

Abstract

Gastric cancer is a leading cause of cancer death in the world including countries such as Japan and Korea. The average survival rate for five years is reported under twenty percent. Lately, a survival possibility has increased in the case of early gastric cancer with the development of diagnosis and medical cure. On the other hand, a diagnosis of advanced gastric cancer is yet incomplete. This study is a research about finding a tumor-mark-gene which can inform the presence of tumor and the grade of tumor. For identifying the putative gastric cancer related genes 404 SAGE ( Serial Analysis of Gene Expression ) tags had been selected from preceding SAGE and cDNA microarray experiments to gastric cancer patients. And then GLGI ( Generation of Longer cDNA fragments from SAGE tags for Gene Identification ) for finding genes which are identical with selected tags. ISH ( In Situ hybridization ) is followed-up with two kinds of gastric tissues by RNA probes. ISH is a method to know specific gene's expression level and position where it is expressed in a tissue. That is proceed to identical patient's normal, cancer tissues simultaneously. HCA66 (hepatocellular carcinoma-associated antigen 66), RegⅣ (regenerating gene type 4), HMG (high mobility group), SNX-Ⅲ(sorting nexin 3) and four novel genes acquired through GLGI cloning are come out expected result. RegⅣ and two novel genes are highly expressed in cancer tissue. The rest of genes are repressed in cancer tissue. These genes will be useful indicators to gastric cancer dignosis through experiments for verifying relation to generation of cancer on more samples.;위암은 전세계적으로 암으로 인한 사망의 대표적인 경우이며, 한국에서도 가장 흔하게 발생되는 경우로 평균적으로 5 년 생존율이 20% 미만으로 보고되어 있다. 최근에는 진단 또는 치료 기술의 발전으로 조기 위암의 경우에서는 생존 가능성이 대단히 높아진 반면, 진행성 위암의 예후 판정은 아직 미진한 상태이다. 본 논문에서는 위암 세포의 존재 유무나 암 진행의 정도를 알려줄 수 있는 종양 표지 유전자를 찾아내어 암의 발생기전을 이해하고 진단, 치료, 예후 판정에 이용될 수 있는 연구를 진행하였다 위암 관련 유전자를 찾아내기 위해서 우선 위암 환자에 대해 선행적으로 이루어진 SAGE (Serial Analysis of Gene Expression) 실험과 cDNA microarray 실험을 통해 404 개의 tag을 선별하였으며 그 tag과 일치하는 유전자를 찾아내기 위해서 GLGI (Generation of Longer cDNA fragments from SAGE tags for Gene Identification) 실험을 시행하였다. 후속 검증 실험으로 유전자들의 RNA 탐침을 만들어 2 종류의 위 조직에 대해 ISH (Jn Situ hybridization ) 실험을 시행하였다. ISH 기법은 특정 유전자가 조직 내에서 어떤 종류의 세포에 대해 어느 정도 발현되는지 확인할 수 있는 실험 방법이다. 동일 환자에 대한 위암 조직과 정상 위 조직에 대해 동시에 실험을 진행하였는데, 실험에 적용된 후보 유전자 중 HCA66 (hepatocellular carcinema-associated antigen 66), RegⅣ (regenerating gene type 4), HMG (high mobility group), SNX-Ⅲ (sorting nexin 3)와 그 외 GLGI cloning을 통해 확보하여 novel 유전자로 확인된 4 종류의 유전자가 예상했던 결과를 보였다. 이 중 암 세포에서 특이적으로 증가하는 경향을 보이는 유전자는 RegⅣ와 2 개의 novel 유전자였고, 나머지 유전자들은 암 세포에서 억제되는 결과를 보였다 이들 유전자는 즘 더 많은 시료를 대상으로 하여 암발생 여부와 밀접한 관계를 검증하면 위암 진단에 유용한 지표 유전자로 응용할 수 있을 것이다.